菌核病在塑料大棚、温室和露地栽培均可发病，但以塑料大棚和温室发生较为严重。从苗期至成株期均可侵染，主要为害茎蔓和果实。
西瓜菌核病症状识别
西瓜菌核病叶、叶柄、幼果染病，初呈水渍状，后软腐，其上长出大量白色菌丝，渐形成黑色鼠粪状菌核。茎蔓受害，初期在主侧枝或茎部呈水浸状褐斑。高湿条件下，长出白色菌丝。茎髓部遭受破坏，腐烂中空或纵裂干枯。果实染病多在残花部，先呈水浸状腐烂，长出白色菌丝，后逐渐扩大呈淡褐色，缠绕成黑色菌核。果实发病多在脐部，受害部位初呈褐色、水浸状软腐，病斑不断向果柄扩展，病部产生棉絮状菌丝体，果实腐烂，在病部产生菌核。叶柄受害与茎蔓相同。花器受害时呈水浸状腐烂，卷须受害初为水浸状，后干枯死亡。
棚室西瓜菌核病防治方法
种子
用50℃温水浸种10～15分钟可杀死菌核。
覆膜抑菌
定植前畦面全部覆盖地膜，可以抑制子囊盘出土释放子囊孢子，减少菌源。
喷药防病
发病初期用50%腐霉利可湿性粉剂1000～1500倍液，或40%多菌灵胶悬剂500倍液、嘧霉胺悬浮剂600～800倍液喷雾防治，每隔5～7天1次，连续防治3～4次。喷药要避开中午高温时段，以免产生药害。
烟剂熏烟 遇连续阴雨天气，及时将病株上的烂花、烂瓜、烂叶、烂蔓清出棚外深埋，同时每亩用10%腐霉利烟剂或45%百菌清烟剂250～300克熏烟防治。在傍晚关闭棚室后均匀布点5～6个，由内向外依次点燃烟剂，次日通风换气后人才能进棚。根据病情每5～7天熏1次，连熏2～3次。烟剂只能在棚室、中棚和温室中使用，不能直接在小拱棚西瓜上使用，以免产生药害。
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